O Biomédico dispõe de um Colegiado como órgão máximo e composto pela direção e pelos representantes dos professores, servidores técnico-administrativos e alunos vinculados à Unidade. O colegiado possui competência consultiva, normativa e deliberativa no encaminhamento das políticas de planejamento, administração e execução orçamentária, das atividades de gestão, ensino, pesquisa e extensão. A atual gestão para o biênio 2021/2023 foi homologada pela RESOLUÇÃO CUV/UFF Nº 045 DE 01 DE SETEMBRO DE 2021.
